Rachel Brown, 왼쪽 및 Shanelle Reilly
바다와 관련된 게놈 데이터 검토
Phages Research Project
매사추세츠 전역에서 수집 한 토양 샘플을 살펴본 후 슬롯 사이트 (WPI)의 학부생 팀인 바이러스 DNA를 분석하기 위해 드릴 다운했습니다.
그들의 작업은가 이끄는 혁신적인 국가 프로그램의 일부입니다.Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 진정한 연구 프로젝트를 통한 학부 생명 과학 교육을 향상시키기 위해, 박테리아를 공격하는 새로운 바이러스의 발견을 동시에 소싱하는 동시에..
"이것은 훌륭한 경험이었습니다. "분석 작업은 도전적 이었지만 보람이 있었기 때문에 우리는 현장에 실질적인 기여를하고 있기 때문에."
프로그램을라고합니다.Sea-Phages, 이는 과학 교육 동맹 - 유전체학 및 진화 과학을 발전시키는 PHUGE 사냥꾼을 나타냅니다. 박테리오파지의 경우 짧은 파지는 박테리아를 감염시키는 바이러스입니다. 그들은 지구상에서 가장 풍부한 유기체이며 생물학 및 세계 생태에서 중요한 역할을 할 가능성이 있지만, 대부분의 파지는 결코 분리되거나 분석되지 않았습니다. 이러한 지식 격차를 해소하기 위해 Sea-Phages는 100 개가 넘는 대학에 수천 명의 학부생들이 Phage Hunters가되어 연구를 위해 공유 데이터베이스에 결과를 기여하도록합니다. 기관은 해수면 프로그램의 일부가되기 위해 적용되어야합니다. 그들이 받아 들여지면, HHMI는 자금을 제공하고 교과 과정에 교수진을 훈련시킵니다.
"This was our first year in the program and, by all accounts, the students and faculty involved felt it was a great success," said Jill Rulfs, PhD, associate professor and associate head of 피망 슬롯's Biology and Biotechnology Department. "We look forward to offering it again next year. It's part of our overall strategy of bringing more authentic research into the undergraduate curriculum."
피망 슬롯에서 Sea-Phages 프로그램은 두 가지 과정에 걸쳐 있습니다.첫 번째, Michael Buckholt 박사, PhD, Biology and Biotechnology 부교수., 2015 년 가을에 학생들은 집이나 피망 슬롯 캠퍼스에서 토양 샘플을 수집 한 다음 다양한 실험실 기술을 사용하여 박테리아 Mycobacterium smegmatis를 감염시키는 미세한 파지를 검색했습니다. 이 용어가 끝날 무렵, 그들은 Buckholt가 게놈 시퀀싱을 위해 HHMI에 제출 한 6 개의 샘플을 분리했습니다.
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두 번째 코스에서는 이번 봄에 Joann Whitefleet-Smith, PhD, Biology and Biotechnology 부교수의 지시에 따라 학생들은 잠재적으로 새로운 바이러스의 전체 DNA 서열 데이터 (게놈)를 분석했습니다. 각 게놈은 약 52,000 쌍의 염기 아데닌 (A), 시토신 (C), 구아닌 (G) 및 티민 (T)에 걸쳐 있습니다. Whitefleet-Smith는“원시 데이터는 일련의 문자일 일 뿐이다. 구두점이없는 52,000 문자의 지침 매뉴얼과 같다”고 말했다. "학생들은 처음부터 시작하고 패턴을 찾고 유전자가 떨어질 수있는 위치에 대한 판단을 내려야했습니다."
알려진 Phages, Bioinformatics 소프트웨어 도구 및 기계 알고리즘의 데이터베이스를 사용하여 학생들은 데이터를 통해 작업하고 각 바이러스에서 80 ~ 90 개의 유전자를 차트로 작성했습니다. 그들은 또한 세 가지 바이러스가 이전에 특성화되지 않았다고 결론 지었다.
6 월 10 일부터 Buckholt, Reilly 및 Rachel Brown '17, 생물 정보학 및 계산 생물학 및 생물학 및 Mass.의 Melrose의 Biotechnology의 두 배 전공 인 Hhmi 's Janelia Research Campus에서 8 번째 연례 연례를 위해 Phage-Hunting Campus에 합류 할 것입니다.Sea-Phages Symposium. 그곳에서 그들은 연구와 새로운 결과를 자세히 설명하는 포스터를 제시 할 것입니다. HHMI 연구원들은 데이터를 검토하고 Phages의 참신에 대한 최종 결정을 내릴 것입니다.
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Sea-Phages는 피츠버그 대학교의 HHMI 교수 인 Graham Hatfull, 창립자 인 Graham Hatfull 박사에 의해 전국적으로 주도됩니다. 2008 년 이래로, Sea-Phages 프로그램의 학생들은 Mycobacterium smegmatis를 감염시키는 거의 800 개의 새로운 Phages를 격리하고 특성화했습니다. 2015 년 4 월 28 일, Sea-Phages 노력의 최초의 동료 검토 연구가 저널에 발표되었습니다e-life. 이 논문은 81 개 기관에서 199 명의 교수진과 2,664 명의 학생들이 저술했습니다.
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)
HHMI는 인류의 이익을 위해 생의학 연구 및 과학 교육을 발전시키는 사명의 과학 자선 활동입니다. 탁월한 과학자와 학생들이 살아있는 시스템에 대한 근본적인 질문을 할 수 있도록 힘을 실어줍니다. Md.의 Chevy Chase에 본사를 둔 HHMI는 미국 전역에서 3,000 명 이상의 개인을 고용하고 있습니다. 2013 회계 연도에 HHMI는 미국 연구에 7 억 7,700 만 달러를 투자했으며 과학 교육에 대한 보조금 및 기타 지원을 제공했습니다.
