슬롯 커뮤니티 | 우스터 폴리

가장 최근의 슬롯 커뮤니티 예선 프로젝트의 몇 가지 예 참조 :

극저온 방법을 통한 조직 보존

저자 : Alicia Howell-Munson, Kristen Dettloff, John Schwamb 및 Allesandra Torres Yabar

어드바이저 : Marsha Rolle, Elizabeth Ryder 및 Destin Heilman

초점 : 냉동 보존 후 조직 샘플의 무결성에서 문제를 식별하고 해결합니다. 살아있는 조직의 효과적인 냉동 보존은 의학에서 우주 탐사에 이르는 지역에서 중요한 성과가 될 것입니다. 살아있는 세포와 조직을 보존하기위한 현재의 방법은 독성 동결 보존제와 물의 결정화로 인해 문제가된다. 이 연구는 쥐 평활근 조직 고리의 유리화로 세 가지 제제를 사용했습니다. 최종 결과는 일반적으로 사용되는 10% DMSO와 비교되었습니다.

​​C. elegans의 높은 처리량 스크리닝

저자 : Akshaye Shah

어드바이저 : Elizabeth Ryder

유전자 상호 작용 연구는 조직 특이 적 유전자 발현을 제어하는 ​​메커니즘을 확인했지만 확장 성이 제한적입니다. 높은 처리량 이미지 분석 플랫폼은 유전자 구성과 함께 설계되었습니다. 이 구성은 MCHERRY를 사용하여 Caenorhabditis el 계산 시스템은 MCHERRY 신호를 사용하여 마스크를 생성하고 GFP 형광을 정량화하여 장 내 강도의 정량적 변화를 출력합니다..

급성 감염된 HIV 개인에 대한 분석과 관련이 있습니다 : 자연 질병 통제 연구

저자 : Kylie Dickinson

어드바이저 : Elizabeth Ryder

인간 면역 결핍 바이러스 (HIV)는 매일 ~ 5,000 명의 새로운 사람들을 감염시킵니다. 감염된 개인의 소수만이 자연 바이러스 제어기입니다. 이 슬롯 커뮤니티젝트의 목표는 HIV 컨트롤러와 진행자 상태와 관련이있는 체액 적 요인을 결정하는 것이 었습니다. 다변량 및 일 변량 데이터 분석은 급성 감염시 측정 된 컨트롤러 및 진행자의 HIV- 특이 적 IgG 서브 클래스 및 항체-의존적 이펙터 기능을 비교했다. 다변량 접근법은 컨트롤러를 진행자와 구별하는 데 효과적이었으며, 단일 항체 특징이 질병 통제를 예측하지 않는다는 것을 시사합니다.

PubMed Authormap : 생명 과학 분야의 연구 협력 연구

 저자 : Amanda Moulaison 및 Haylea Northcott

어드바이저 : Dmitry Korkin and Elizabeth Ryder

이 슬롯 커뮤니티젝트는 PubMed API를 통합하여 생명 과학 분야의 연구 협업을 대표하는 네트워크를 구축하는 도구를 만듭니다. 각 네트워크에서 노드는 출판물의 마지막 저자를 나타내고, Edge는 하나 또는 여러 저자를 공유하는 간행물을 나타냅니다. 우리의 도구는 대부분의 네트워크가 스케일이없는 네트워크의 특성을 보여 주지만 통계적으로 스케일이없는 것으로 입증 될 수 없음을 보여줍니다. 우리는 병목 현상 저자와 협력자 간의 관계를 설명하기 위해 세 가지 네트워크에 대한 사례 연구를 수행했습니다.

Mycobacteriophage subclusters에서 DNA Primase의 비정상적인 유전자 구조 조사

저자 : Daniel Champlin, Jennifer Payano 및 Eoin O'Connell

어드바이저 : Joann Whitefleet-Smith 및 Elizabeth Ryder

A4 및 기타 하위 응고기에서 Mycobacteriophages의 DNA Primase는 상이한 개방형 판독 프레임에서 읽는 유의 한 중첩을 가진 2 개의 유전자로 만든 2 도메인 단백질입니다. 이들 유전자는 알려지지 않은 메커니즘을 통해 기능성 단백질을 만듭니다. 다중 서열 정렬 및 단백질 모델링을 사용한 우리의 연구는 기능적 \ nDNA 프리미 제를 형성하는 메커니즘으로서 인테인 스 플라이 싱, 리보솜 프레임 시프 팅 또는 RNA 폴리머 라제 슬립지를지지하지 않는다. 예비 RT-PCR 결과는 두 도메인이 하나의 전 사체에 전사 될 것을 제안합니다.

키틴 수용체 Lyk5는 Physcomitrella Patens에서 칼슘-매개 신호 전달에 필수적입니다

저자 : Catherine Sherman

어드바이저 : Luis Vidali와 Elizabeth Ryder

식물은 효과적으로 반응하기 위해 곰팡이 벽에서 발견 된 키틴과 같은 다양한 병원체 관련 분자를 인식합니다. 키틴은 Physcomitrella Patens를 포함하여 많은 식물에서 세포 내 칼슘의 진동을 유발합니다. 이 슬롯 커뮤니티젝트의 목표는 P. Patens에서 키틴을 감지하려는 Lyk5 유전자를 침묵시키고 칼슘 반응을 분석하는 슬롯 커뮤니티그램을 개발하는 것이 었습니다. 3 개의 P. patens lyk5 유전자가 침묵했을 때 가설의 기능을 뒷받침하는 진동 칼슘 면역 반응이 없었습니다.

제시된 HIV Immunopeptidome의 패턴을 연구하기위한 생물 정보학 도구의 생성 및 활용

저자 : Ann-Elizabeth le

어드바이저 : Dmitry Korkin

오늘, 미국에서는 여전히 38,000 개의 새로운 HIV 감염이 발생합니다 (CDC, 2020). T 세포에 의한 면역 인식의 초기 징후 동안, 바이러스 유래 펩티드는 세포 표면의 MHC 분자에 의해 제시된다. HIV 감염에서 면역 반응 및 면역 보호는 잘 정의되지 않습니다. 이 슬롯 커뮤니티젝트에서는 항원 처리 및 프리젠 테이션 중 HIV- 특이 적 패턴을 분석하고 분석 과정을 돕기위한 계산 도구를 개발합니다. 이 연구 영역으로부터, 단백질 분해 분석 및 면역 펩티 돔 정의에서의 추가 발전은 효율적인 면역 통관 및 미래의 백신 설계를위한 목표를 식별하는 데 도움이 될 수있다..

암 세포에서 DNA 손상 복구 추적

저자 : Michael Corace와 Alexandra Nicolella

어드바이저 : Dmitry Korkin and Amity Manning

이 슬롯 커뮤니티젝트는 기존 소프트웨어와 새로운 분석 접근법을 사용하는 암성 세포에서 DNA 손상 복구의 역학을 이해하려고합니다. 현재 분석 도구를 사용하면 생물 학자들은 독립적으로 세포 이동을 추적하고 손상 부위를 계산할 수 있지만 동시에는 그렇지 않습니다. 우리의 방법은 운동성 세포 집단에서 시간이 지남에 따라 손상 빈도가 약간 증가한 것을 확인했습니다. 우리는이 영역의 추가 발전을 위해 조정 추적보다는 세포 형태를 활용하는 것이 좋습니다.

형광 영상의 DNA 손상 예측

저자 : Daniel McDonough와 Surya Vadivazhagu

어드바이저 : Dmitry Korkin and Amity Manning

세포 핵을 분석하는 방법이 많이 있지만 단백질을 표지하지 않고 DNA 손상의 존재를 감지 할 수있는 사람은 거의 없습니다. 우리는 DNA 손상이있을 때 세포 핵을 감지하고 분류하는 과정을 개발했습니다. 이 방법은 DNA 관련 히스톤 단백질의 형태를 사용하며, DNA 손상 부위에 구체적으로 표지되거나 국소화되는 단백질 없이이 문제를 해결하는 방법과 이유를 논의 한 다음 슬롯 커뮤니티그램 파이프 라인의 세부 사항, 다른 방법과 어떻게 비교하고, 향후 추가에 대한 결론에 대해 논의합니다..

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